Theo Thông tư, số đăng ký của Tổ chức chứng nhận là mã số đăng ký ghi trong Mẫu số 01 của Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 109/2018/NĐ-CP. Mỗi số đăng ký chỉ cấp cho một Tổ chức chứng nhận và không thay đổi trong trường hợp cấp lại, cấp bổ sung, sửa đổi Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động. Vụ Khoa học, Công nghệ và Môi trường, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn là cơ quan cấp và quản lý số đăng ký.
Thông tư nêu rõ, phương thức đánh giá để cấp và giám sát sau khi cấp Giấy chứng nhận sản phẩm phù hợp TCVN về nông nghiệp hữu cơ thực hiện theo điểm đ khoản 1 Điều 5 (Phương thức 5) Thông tư số 28/2012/TT-BKHCN ngày 12/12/2012 của Bộ Khoa học và Công nghệ quy định về công bố hợp chuẩn, công bố hợp quy và phương thức đánh giá sự phù hợp với tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật và TCVN 12134:2017 Nông nghiệp hữu cơ - Yêu cầu đối với tổ chức chứng nhận, tiêu chuẩn quốc tế, tiêu chuẩn khu vực, tiêu chuẩn nước ngoài được chấp thuận tại Việt Nam.
Sản phẩm nông nghiệp của các tổ chức, cá nhân đã được cấp Giấy chứng nhận sản phẩm nông nghiệp hữu cơ thì được sử dụng dấu sản phẩm tương ứng với tiêu chuẩn đã được chứng nhận.
Tổ chức, cá nhân có nhu cầu chứng nhận sản phẩm phù hợp tiêu chuẩn quốc tế, tiêu chuẩn khu vực, tiêu chuẩn nước ngoài về nông nghiệp hữu cơ để tiêu thụ trong nước phải được chứng nhận bởi tổ chức chứng nhận có đủ điều kiện theo quy định khoản 2 Điều 9 Nghị định 109/2018/NĐ-CP.
Thông tư có hiệu lực thi hành từ 18/12/2019.